У 1881 році у Львові була відкрита Цісарсько-королівська ветеринарна школа та школа кування коней разом із клінікою-стаціонаром для тварин. У 1884 році у Ветеринарній школі почав свою науково-викладацьку діяльність відомий професор, піонер і пропагандист ветеринарної мікробіології Йосиф Шпільман (1855–1920). У той час мікробіологія та імунологія інтенсивно розвивалися завдяки впровадженню нових методів досліджень патогенних мікроорганізмів. Науковий ріст Й. Шпільмана проходив у лабораторії всесвітньо відомого мікробіолога Роберта Коха. Великий науковий досвід із практичної бактеріології Й. Шпільмана зацікавив засновників Ветеринарної школи під час формування викладацького складу. У 1884 році тут збільшується кількість кафедр, і Йосиф Шпільман починає викладати бактеріологію, фізіологію та фармакологію, а також одночасно очолює кафедру клінічних ветеринарних хвороб. 31 грудня 1896 року Ветеринарна школа перейменована у Ветеринарну академію з усіма правами і привілеями вищого навчального закладу. У 1906 році у Ветеринарній академії була заснована кафедра бактеріології, яку очолив професор Й. Шпільман і завідував до 1920 року.

У звітах Ветеринарної академії згадується, що на кафедрі бактеріології проводилися наукові дослідження з використанням такої апаратури, як мікроскопи Хартнака, Лейтца і Зейтца (у тому числі з імерсійною системою для мікрофотографії), апарат Гесса для бактеріологічного дослідження повітря, фільтри Шамберлана, автоклави й термостати. На кафедрі було створено колекції мікроскопічних препаратів і діапозитивів бактерій, а також музей культур патогенних і сапрофітних бактерій, проведено їхню ідентифікацію згідно з вимогами Пастерівського інституту.

У наступні роки кафедрою завідували відомі бактеріологи: професор Здіслав Штейзинг (1921–1930), професор Станіслав Леґежинський (1930–1938), професор Едмунд Микуляшек (1938–1944), професор Василь Сергійович Зарубкінський (1944–1958). У 1958–1961 роках обов’язки завідувача кафедри виконувала доцент О. М. Самодєлкіна.

З 1961 по 1977 рік кафедру мікробіології очолював доктор ветеринарних наук, професор Андрієвський Іван Іванович (1900–1987). Народився 27 жовтня 1900 року в селі Мала Рибиця Миропільського району на Сумщині в родині священника. У 1921–1926 роках навчався в Харківському, а в 1927 році – в Донському ветеринарному інституті (Новочеркаськ). Після закінчення навчання працював ветлікарем-практиком на Закавказзі, де очолював експедицію для боротьби з чумою великої рогатої худоби. За ліквідацію цієї небезпечної хвороби в 1928 році отримав урядову нагороду – персональну грамоту та іменний золотий годинник. Згодом обіймав високі посади за спеціальністю у Самарі та Нижньому Новгороді.

У 1934 році закінчив Заочний інститут іноземних мов у Москві. За «невдалий» переклад відбував покарання в сталінських таборах. На початку Другої світової війни був відправлений у штрафбат, воював на кількох фронтах і був тяжко поранений у багнетовій атаці під Кеніґсбергом. Після одужання був скерований у ветеринарну службу армії, де дослужився до чину підполковника. Нагороджений 4 орденами і 7 медалями. Перед призначенням до Львова працював у Новочеркаському ветеринарному інституті, в якому захистив кандидатську (1946) і докторську (1955) дисертації. Там був завідувачем кафедри патанатомії і деканом ветеринарного факультету.

У 1961–1977 роках професор І. І. Андрієвський завідував кафедрою мікробіології Львівського зооветеринарного інституту. Займався вивченням біологічних властивостей лістерій, еризипелотриксів і мікобактерій туберкульозу за різних умов існування, досліджував проблему виживання їх у навколишньому середовищі. Його улюбленою тезою були слова: «Все росте». Його публікації в різних наукових виданнях завжди викликали жваві дискусії. У творчому доробку професора І. І. Андрієвського понад 50 наукових праць. Під його керівництвом захищено 8 кандидатських дисертацій.

У 1973–1991 роках кафедра мікробіології була об’єднана з кафедрою ветеринарно-санітарної експертизи і радіобіології, а з 1991 року відділена в окрему кафедру мікробіології та вірусології.

З 1977 по 2002 рік кафедрою керував кандидат ветеринарних наук, доцент Івасик Богдан Дмитрович (1929–2002). Народився 29 березня 1929 року в селі Бушковичі Перемишльського повіту Ряшівського воєводства Польщі у селянській родині. У 1941 році закінчив народну школу в Перемишлі, у 1941–1945 роках навчався в Ярославській гімназії. У 1945 році разом із родиною був переселений у село Козельники Винниківського району Львівської області.

У 1947–1952 роках навчався у Львівському ветеринарно-зоотехнічному інституті за спеціальністю «Ветеринарія». 9 років працював на виробництві: спочатку – завідувачем Давидівської зооветеринарної дільниці, потім – лікарем-епізоотологом Золочівської міжрайонної ветеринарної бактеріологічної лабораторії та 5 років – директором Перемишлянської міжрайонної ветеринарної бактеріологічної лабораторії.

У 1959–1961 роках навчався в аспірантурі на кафедрі фармакології під керівництвом професора В. А. Сковронського У 1964 році захистив кандидатську дисертацію з теми «Деякі біохімічні показники крові сільськогосподарських тварин при експериментальному отруєнні фтором і лікуванні кальцій-хлоридом з магнієм».

Після закінчення аспірантури вся діяльність Б. Д. Івасика пов’язана з кафедрою мікробіології та вірусології: у 1961–1963 роках – асистент, з 1964 року – доцент, у 1977–2002 роках – завідувач кафедри. Співавтор понад 120 наукових і навчально-методичних праць. Головний напрям наукової роботи – дослідження впливу екологічних факторів на патогенність мікобактерій туберкульозу. Вивчав також етіологію респіраторно-кишкових захворювань молодняку великої рогатої худоби та властивості окремих штамів молочнокислих бактерій для виготовлення заквасок.

Поряд із сумлінною педагогічною та науковою роботою, постійно займався громадською діяльністю. Ще в студентські роки проявив себе як висококваліфікований футболіст. Багато років був головою клубної ради інституту, учасником чоловічого хору викладачів «Дзвін», активно підтримував художню самодіяльність студентів.

Значний внесок у здобутки кафедри зробили доценти Толстова Анна Григорівна, Якимчук Євген Федорович, Яцканич Михайло Михайлович, Миколайчук Олександр Іванович. Наукова діяльність А. Г. Толстової, Є. Ф. Якимчука і М. М.  Яцканича була присвячена удосконаленням методів лабораторної діагностики туберкульозу великої рогатої худоби. Миколайчук О. І. займався виділенням і дослідженням властивостей чистих культур молочнокислих бактерій для виготовлення заквасок.

Кафедра мікробіології та вірусології
Перший ряд: А. Г. Толстова, Б. Д. Івасик
Другий ряд: Є. Ф. Якимчук, М. М. Яцканич

У 2002–2009 роках кафедрою завідував професор О. Я. Захарів, у 2010–2015 роках – доцент І. Б. Турко, у 2015–2017 роках – доцент В. І. Семанюк , у 2017–2018 роках – старший викладач О. В. Куляба, з липня 2018 року – доцент О. С. Калініна. У цей період на кафедрі працювали: асистент, кандидат ветеринарних наук Н. Д. Левківська, асистенти О. В. Огура, Г. М. Олійник, Є. С. Гащук, старший лаборант І. А. Крусієр. У 2019 році на кафедрі працювали за сумісництвом кандидат медичних наук, доцент Р. Г. Шикула і кандидат ветеринарних наук, асистент Ю. Г. Cторчак, а також завідувачем навчально-дослідної лабораторії, кандидат ветеринарних наук І. Я. Мазур. У 2022 році на кафедрі працювала за сумісництвом кандидат ветеринарних наук, асистент А. О. Крог.

На кафедрі мікробіології та вірусології підготовку фахівців забезпечують один професор, 10 доцентів і 4 асистенти. Також є 2 старші лаборанти і 8 аспірантів.

На кафедрі мікробіології та вірусології для здобувачів вищої освіти читаються 23 навчальні дисципліни за освітньо-професійними програмами спеціальностей:

• 211 «Ветеринарна медицина»
• 212 «Ветеринарна гігієна, санітарія і експертиза»
• 181 «Харчові технології»
• 204 «Технологія виробництва і переробки продукції тваринництва»
• 162 «Біотехнології та біоінженерія»
• 207 «Водні біоресурси та аквакультура»
• 226 «Фармація, промислова фармація»
• 227 «Фізична терапія, ерготерапія»

За роки незалежності України викладачами кафедри видано 2 монографії, 4 підручники, 19 навчальних посібників, близько 200 методичних розробок для забезпечення НМКД, понад 400 наукових публікацій. Захищено 9 дисертацій: одна – на здобуття наукового ступеня доктора наук, 7 – на здобуття наукового ступеня кандидата наук, одна – на здобуття наукового ступеня доктора філософії.

З 2021 року науково-дослідна робота кафедри здійснюється з теми «Особливості формування мікробіоценозів організму й довкілля, розробка способів їхньої корекції для забезпечення благополуччя і здоров’я тварин та безпечності і якості харчових продуктів». При кафедрі створено навчально-дослідну лабораторію для проведення науково-дослідної роботи аспірантів і здобувачів вищої освіти-гуртківців та міжнародний навчально-практичний центр «Ветеринарне та технологічне забезпечення фермерства».

У 1995–2004 роках кафедра підтримувала наукові зв’язки зі співробітниками Віденського університету ветеринарної медицини. За результатами співпраці було організовано 4 міжнародні симпозіуми «Україна – Австрія. Сільське господарство: наука і практика», які проходили у Відні (1995), Львові (1996), Чернівцях (2000) і Гумпенштайні (2002). У 2006–2008 роках кафедра брала участь у програмі «Наукові розробки у сфері стандартизації та сертифікації сільськогосподарської продукції». За цей період розроблено 52 Державні стандарти України.

З 2018 року кафедра бере участь у Міжнародному проєкті «Поліпшення навичок спеціалістів з лабораторної практики у фахівців агропродовольчого сектору Східної Європи (Ag-Lab) за програмою «Еразмус+». Кафедра підтримує тісні зв’язки з науковцями Національного університету біоресурсів і природокористування України (м. Київ), Державного науково-дослідного контрольного інституту ветеринарних препаратів та кормових добавок (м. Львів), Тернопільського національного технічного університету імені І. Пулюя, Вармінсько-Мазурського університету (м. Ольштин, Польща), SLW Bіоlаb Weterenaryjne laboratorium diagnostyczne spolka cywilna (м. Оструда, Польща).