Історія створення зоологічного музею бере початок у другій половині ХІХ століття, про що свідчать збережені з тих часів колекції мікро- і макропрепаратів різних представників тваринного світу, серед яких і колекція відомого вченого Ернста Геккеля, датована 1896 роком. Творцем перших експонатів музею і його засновником можна вважати професора Володимира Кульчицького.
Як складова частина кафедри екології музей виконував і продовжує виконувати важливу навчальну функцію, даючи можливість студентам наочно ознайомитись із розмаїттям тваринного світу і його особливостями на усіх континентах Землі.